Las unidades auxiliares o de apoyo judicial son todas aquellas que no pertenecen jerarquicamente a la Secretaría Administrativa. Ellas comprenden funciones a nivel de asesoría, fiscalización y apoyo.

Dentro del Grupo de Fiscalización están:

• Auditoría Judicial
• Auditoría interna

Para el grupo de Apoyo y Auxiliar están:

• Secretaría de Comunicación
• Seguridad
• Secretaría Técnica de Modernización y Desarrollo Institucional
• Informática
• Editorial y Publicaciones
• Escuela Judicial

Solo la Oficina de Asuntos Internacionales y Protocolo pertenece al nivel de asesoría.